学院管理机构为联合管理委员会，由中法双方人员共同组成，联合管理委员会定期召开会议，负责对河海里尔学院建设和运行中的重大事项进行管理与决策。学院下设六个科室：综合办公室、CTI办公室、党务外事办公室、研究生培养办公室、本科生培养办公室、本科辅导员办公室，负责落实学院运行具体工作。